ภาพรวม:ผ่านไป 14 ปี ชินจิตื่นขึ้นมาบนเรือรบเอเอเอ วุนเดอร์ขององค์กรต่อต้านเนิร์ฟที่ก่อตั้งโดยอดีตสมาชิกของเนิร์ฟ ชินจิได้ยินเสียงของเรย์ดังมาจากอีวามาร์ค 09 ที่ถูกส่งมาช่วยเขา เขาจึงหนีออกจากวุนเดอร์และมุ่งหน้าไปยังเนิร์ฟ คาโวรุ นางิสะพาชินจิไปดูดินแดนที่กลายสภาพ เขาจึงได้รู้ว่าการช่วยชีวิตเรย์ส่งผลให้เกิดเนียร์เธิร์ดอิมแพกต์ที่ทำลายล้างโลกอย่างราบคาบ